1979 年 3 月，经国务院批准，深圳市成立。为适应新兴城市档案数量迅速增长及档案事业发展的需要， 11 月 15 日，建立深圳市档案馆。该馆科级建制，隶属市委办公厅领导，馆址设在市委大院内。
   1983 年 5月，市档案馆升为处级单位，对外称市档案馆，对内称档案处，由市政府办公厅领导。 1984 年 3 月，市委、市政府机关电脑装置配备 2名管理人员（事业编制），归档案处管理。 
   1985 年 1月，市政府办公厅档案处改为深圳市档案局（对外仍挂市档案馆牌子），处级建制，实行两块牌子一套人员。原行政编制 6 名全部划为事业编制。 1986 年 6月，遵照中共中央、国务院关于“把档案工作作为一项事业列入国民经济和社会发展规划”的指示精神，将市档案局列为市政府直属局，归口市政府办公厅管理，主要负责市委、市政府各机关单位文件材料的整理立卷工作。 
  1987 年，在市级行政机构改革中，市档案局被定为二级局，实行局馆合一的体制，内设办公室（副处级）、业务指导科、档案管理科、档案史料编辑研究科、档案技术科。1988 年 2 月，为加强档案执法监督，业务指导科更名为监督指导科。
   1993 年 10 月，市政府授权市档案局主管全市档案工作，为副局级事业性机构。内设办公室、监督指导处、档案管理处（均为正处级）主要职能是：制定并实施档案事业发展计划和档案法规规章制度；监督、指导、协调全市档案工作；收集和接收市直属单位以及对国家和社会具有重要保存价值的档案资料并进行科学管理；组织开发档案信息资源，为社会提供咨询服务。 1994 年后，编制增至 31 名，同年，市档案局（馆）迁入新建的档案大厦办公，位于深南中路南侧档案大厦东座。
   1998 年10月，为了适应市场经济条件下企业转制的需要，档案管理处加挂“深圳市档案寄存中心”牌子，该中心为全国首家档案寄存中心，专门为不属市、区档案馆接收范围的或不具备档案安全保管条件的各类企业、社会团体提供有关文书、技术、财务管理等方面档案的寄存服务。
   2000 年 3月，为做好深圳市重要政务活动、外事接待和重大突发事件的拍摄工作，办公室加挂“深圳市档案管理技术中心”牌子，统一负责全市重要政务活动、外事接待和重大突发事件形成的声像档案以及光盘、缩微胶片等特殊载体档案。上述两个机构所需人员都由市档案局内部调剂解决。同年 4 月，市档案局（馆）试办文档资料服务中心，为社会公众提供非涉密的政策、法规及各类现行、半现行文件的查询阅览服务。

  1984年2月，深圳市城建档案馆成立，科级建制，隶属深圳经济特区建设公司，编制5名，经费由该公司列支。城建档案馆主要负责接收、保管需要集中管理的城市基本建设档案，为全市各项基本建设服务，并对全市各单位与城市有关的基建档案工作进行业务指导。同年7月，特区建设公司撤销，城建档案馆改归市建筑科学研究中心代管。馆址在市建筑科研中心，总面积18平方米。1985年2月，城建档案馆划归市政府基本建设办公室领导，升格为副处级，增编至7名。
  1988年7月，城建档案馆内设办公室、业务科、库房管理科，增加3名编制。9月，市基建办公室撤销，市建设局组建，市城建档案馆划归市建设局管理。
  1989年9月，城建档案馆加挂“深圳市城市建设档案管理处”牌子，仍按副处级待遇，实行两个牌子，一套人员，行使对城市基建档案的管理、检查和监督的职能。馆（处）内设办公室、综合业务科、市政管线科、库房管理科。馆址在八角楼，总面积约200平方米。1990年5月，馆（处）增编至17名。1993年3月，城建档案馆（处）定为正处级。1994年6月，增编15名。馆址迁入位于市深南中路的档案大厦，总面积达6000平方米。1996年，增加编制2名。
  1996年1月，成立深圳建设信息中心，与城建档案馆、城建档案管理处三块牌子，一套人员。中心的主要任务是：建立深圳市建设信息网，并为全国建设信息网提供本网信息；利用全国建设信息网的资源，开展信息咨询、服务等工作；采用新方法、新技术，在深层次上开发深圳市城建档案，加速实现城建档案信息的数字化、网络化。
  1998年，市城建档案馆内设办公室、财务科、建筑档案指导科、市政档案指导科、档案管理科、声像档案科、信息技术科、档案编研室；处级建制，编制34名。
  2004年6月，深圳市城建档案馆并入深圳市档案局。